Muharref İncillerin Hz. Yahya ile ilgili olarak verdikleri haberler çoğunlukla birbirleri ile çelişkilidir. Bu çelişkilerin başında Yahya'nın, İlya olup olmadığı hususunda verilen bilgilerdeki farklılıklardır. Matta İncilinde Yahya'nın İlya olduğu belirtilirken, Yuhanna İncilinde ise tam tersi söylenerek Yahya'nın İlya olmadığı ifade edilmektedir. Matta'da Yahya hakkında şöyle haber verilmektedir: "İsa, 'İlya gerçekten gelecek ve herşeyi yeniden düzene koyacak' diye cevap verdi. 'Size şunu söyleyeyim. İlya zaten gelmiştir, ama onu tanımadılar, ona yapmadıklarını bırakmadılar... O zaman öğrenciler İsa'nın kendilerine vaftizci Yahya'dan sözettiğini anladılar".