Tapınakçıların gizemleri daha tarikatın kuruluşu ile başlar. Aslında tarikat kurulduğu andan itibaren ezoterik bir karakter göstermiş ve amacını saklamıştır. Tarikatın ezoterik karakteri mühründe de görülmektedir. Aynı ata binmiş iki şövalye şeklindeki bu mühür değişik araştırmacılar tarafından değişik şekillerde yorumlanmıştır.
Bazı araştırmacılar bu sembolü birbirini kollayan iki şövalye olarak yorumlarken bazıları da bunu tarikatın ilk yıllarındaki fakirliğini belirttiğini iddia etmişlerdir. Aslında bu mühür, Saint Bernard´ın da «çarpışma iki yönlüdür, yeryüzünde ve gökyüzünde» şeklinde belirttiği gibi, misyonun maddi ve manevi olan iki yönünü temsil etmektedir. Bir başka deyişle görünüşteki amaçları Kutsal Topraklara giden hacılara yardım etmek olan tarikatın aslında bir de ruhsal bir amacı vardı.
Tarikatın ezoterik yönünün bir başka göstergesi de inisiyasyon törenleridir. Bu törenler bütün ezoterik topluluklarda görülen törenlere benzemektedir. Aday kabul edilmeden önce çeşitli sınavlardan geçmektedir. Bu sınavların tam olarak neler olduğunu bilemesek de dört elementle ilgili bir takım törenler olduğunu, bazı moral değerlerin sorgulandığını öğrenmekteyiz.
Bu sınavları geçen adayı, geceleyin, on iki şövalye beklemekteydi. Dışarıda bekleyen adaya şövalyeler niçin kapıya geldiğini üç defa sorarlar, yanıtını kabul edince içeri alırlardı. Tarikata kabul edilme ise törenle olmaktaydı. Tarikatın bir ilginç karakteri de o zamanki Orta Çağ düşüncesinden farklı düşünsel yapısı idi. Ezoterik düşünceye olan yatkınlığı Tapınakçıları diğer tarikatlardan ayırtmakta ve etrafta yanlış anlamalara yer vermekte idi.
Tapınakçıları tam bir ezoterik topluluk olarak düşünmek doğru olmaz ancak tarikatın zaman içinde böyle bir karakter aldığını ve diğer ezoterik topluluklara kaynak olduğu için bu özelliğinin fazla abartıldığını söyleyebiliriz.