Maniciliğin örgütlenmesinde de Marcion örnek olarak alınmıştır. Maniciler iki sınıfa ayrılmışlardır: gizeme ulaşmış olanlar ile sıradan inananlar ya da Mani´nin adlandırdığı gibi "Seçkinler" (ya da Yetkinler) ile "Dinleyenler". Manicilik´te kadınlar da seçkinlerin arasına kabul edilirdi. Bir tür ruhban sınıfı olan seçkinler, çok zorlu hazırlık dönemlerinden ve çetin inisiyasyon törenlerinden geçirilirlerdi. "Consolamentum" (Teselli) adi verilen inisiyasyon törenine pek önem verilirdi. Bu asamadan sonra, seçkinler "Tanrısal Işık" ile dolarlar ve artık bu ışığı dünyevî nesnelerle kirletecek eylemlerden kaçınırlardı. Evlenmezler, mülk sahibi olamazlar, et yemezler, şarap içmezlerdi. Tarım islerinde çalışmamalı, hatta ekmeği bile doğramamalıydılar. Günlük yiyecekleri ve yalın giysileri ile gezgin bir yasam sürmeliydi seçkinler.
Seçkinlerin ilkeleri, Buddhist keşişlerin disiplinine şaşırtıcı ölçüde yakındı. Arada bulunan tek fark, Manici seçkinlere yerleşik yaşamın yasak olmasıydı. Seçkinlerin yasamı oldukça zordu. Yaşamları üç mühürle bağlıydı: ağız, el ve gönül mühürleri...İlk mühür, tüm kötü yiyecekleri ve kötü sözleri yasaklardı. İkinci mühür, canlı varlıkların içinde saklı bulunan ışığa verilebilecek her türlü zararı engellemek içindi; adam öldürmek, hayvan öldürmek, hatta meyve koparmak bile yasaktı. Üçüncü mühür, Manicilik inancına ve temizliğine karşı çıkan her türlü düşünceyi yasaklamaktaydı.
Doğal olarak, seçkinlerin sayısı pek azdı. Tarihte ün kazanmış seçkinlerin son derece az sayıda olması da garipsenebilir. Maniciliğe bağlı olanların büyük çoğunluğu "Dinleyiciler"den oluşuyordu. Bunlar yalnızca Mani´nin "On Emri" ile bağlıydılar. Bu On Emir kısaca ;
1- Geçirilmiş olan zamana (tarihe) inanmak
2- Çok Tanrılı döneme inanmak
3- Yalandan kendini koruma
4- Kötü insan olmamak
5- Et yenilmesinin yasaklanması
6- Başkasının namusuna kötü gözle bakmamak
7- Hırsızlık yapmamak
8- Okumak,sihirle hakikati tanıyarak,bunları birbirinden ayırmak
9- Toplum içerisinde inançlı olmak
10- İşinde gevşek ve ihmalkar olmamak
Bu on emir sırasıyla puta tapmayı, namussuzluğu, cimriliği, her türlü öldürme eylemini, zina yapmayı, hırsızlığı, yalancılığı, büyücülüğü, ikiyüzlülüğü ve Maniciliğe ihaneti yasaklıyordu. Sıradan inananların ilk görevi seçkinlere neredeyse tapınma derecesine varan bir saygı beslemekti. Dinleyiciler sık sık seçkinlerin önünde diz çökerek kutsanma talep ederler, buna karşılık sebze ve meyve verirlerdi. Herkes için geçerli olan diğer dinsel görevler dua ve oruçtu.
Dua öğle, akşamüstü, gün batımında ve güneş battıktan üç saat sonra olmak üzere günde dört kez zorunluydu. Gündüz duaları güneşe dönerek yapılır, geceleri ise aya bakarak dua edilirdi. Ne günesin, ne de ayin görünmediği günlerde dua yönü kuzeydi. Dua etmeden önce uygulanması kesin koşul olan bir arınma riti vardı. Arınma isleme su ile, ya da su bulunmazsa toprak ile yapılırdı. Oruç zamanlaması da tıpkı dua gibi doğrudan astronomik olgulara bağlıydı. Haftanın ilk günü günesin onuruna (Sunday) herkes oruç tutardı. Seçkinler, haftanın ikinci günü de (Monday?) ay onuruna oruç tutmakla sorumluydular. Ayrıca her yeni ayda, herkes iki gün oruç tutardı.
Maniciliğin diğer rit ve törenleri hakkında bilinenler pek az. Mani´nin ölüm yıl dönümünde gerçekleştirilen "Bema" töreni Maniciliğin en büyük kutlaması olarak biliniyor. Bu törende sürekli dua edilir ve kutsal yazılar okunurdu. Beş basamakla çıkılan bir platformun üzerine bos bir taht yerleştirilirdi. "Bema" töreninin diğer ayrıntıları ne yazık ki bilinmiyor. Ayrıca, Manicilikte vaftiz uygulamasının olduğu da kesin, fakat bu konuyu içeren kutsal yazılar kayıp olduğundan, Manici vaftiz töreninin hiçbir ayrıntısı bugün bilinmiyor.