Hurufiler?in büyük çoğunluğunun Anadolu?ya sığındıkları biliniyor. Özellikle Sivas, Eskişehir ve Batı Anadolu?nun bazı kent ve kasabaları kısa zamanda kimliklerini çok iyi gizleyen Hurufi propagandacılarla dolmuştur. Hurufiler, buradan Rumeli?ne geçerek Arnavutluk?ta, Filibe ve Varna gibi Balkan önemli kentlerinde eylemlerini sürdürdüler. Bazı tasavvuf cemaatlerine sızarak, kendilerini gizlemeyi ve inançlarını yaymayı başardılar.
Abdülbaki Gölpınarlı ?Hurufilik Metinleri Katalogu? ve ?Fadl Allah Hurufi? adlı yapıtlarında Hurufiliğin Anadolu?da Mir Şerif ve özellikle büyük Azeri ozanı İmadeddin Nesimi tarafından yayıldığını belirtiyor. Gölpınarlı, Mir Şerif´in Anadolu´ya Fazlullah?ın eserleri başta olmak üzere bir çok Hurufi kitapları getirdiğini, Fazlullah?ın önde gelen halifelerinden Nesimi?nin geniş boyutlu bir propaganda yürüttüğünü, hatta bir ara Ankara?ya kadar gelerek Hacı Bayram-ı Veli ile görüştüğünü söylüyor. Anadolu?da pek çok yer dolaşan ve uzun süre kalan Nesimi?nin bir çok kişiyi Hurufiliğe kazandırdığı kesindir. Bu kişilerin sonradan sistemli ve etkin bir propaganda yürüttükleri, Fatih Sultan Mehmet döneminde Osmanlı sarayına kadar girmiş olmalarından anlaşılabilir.
Taşköprülüzade?nin ?Şakayık-ı Numaniye? adlı eserine bakılacak olursa, Fazlullah?ın halifelerinden biri Edirne?deyken genç Fatih?i etkileyecek kadar başarılı olmuş, hatta bazı müritleri ile saraya yerleşmiştir. Durumdan oldukça rahatsız olan Veziriazam Mahmud Paşa ile müftü Molla Fahreddin-i Acemi, Hurufiler?in ?Hulûl? inancına (Tasavufta Hulûl, Tanrı?nın yarattıklarında meydana çıktığına inanmak demektir) sahip oldukları konusunda genç Padişahı uyarabilmişlerdir. Fatih?in huzurunda yapılan bir tartışma sonunda Hurufiler?in gerçekten ?Hulûl? inancına sahip oldukları kanıtlanmış ve bunun üzerine Sultanın buyruğu ile Hurufiler tutuklanmış ve idam edilmişlerdir. Edirne?deki Yeni Cami?de Fahreddin halkı Hurufiliğe karşı uyarmış, uygulamalarını ve inançlarını anlatmıştır.
Bu olayla birlikte Osmanlı topraklarında Hurufiler?in yüzyıllar boyunca sürecek kovuşturma ve cezalandırılmaları başlamış oldu. XVI. yüzyıla ait belgeler, özellikle Balkanlar?daki çeşitli kentlerde sık sık Hurufi kovuşturmalarının yapıldığını, pek çok Hurufinin yakalanarak idam edildiklerini, cesetlerinin yakıldığını ortaya koymaktadır. Bu kayıtlarda belirtilen kişilerin, doğrudan Hurufi olmasalar da, Hurufilik?ten etkilenen çeşitli inanç akımlarına bağlı kişiler oldukları kesindir.
Bu akımlar arasında başta ?Kalenderiler? gelmektedir. Şiddetli ceza ve baskılara karşın, çeşitli tasavvuf çevrelerine bağlı olup, Hurufilik propagandasını yapan pek çok kişinin bulunduğu, özellikle XVI. yüzyılda Balkanlar?da tanınmış olan Otman Baba, Rafii ve Usuli gibi ozanların varlığı dikkati çekiyor. Bu kişileri daha sonra yaşamış olan Hayreti, Muhiti, Yemini, Muhyiddin Abdal ve Arşigibi önde gelen Kalenderi ve Bektaşi ozanları izlemiştir.
İshak Efendi ?Kaşif el-Esrar? adlı kitabında, Fazlullah?ın halifelerinden Ali el-Ala?nın propaganda yapmak üzere Anadolu?da etkinlik gösterdiğini, XV. yüzyılın başlarında Bektaşi tekkelerine girdiğini ve Hacı Bektaş?ın fikirleriymiş gibi Fazlullah?ın düşüncelerini yaydığını belirtir. Bu sav, Bektaşi fikirlerinde Hurufiliğin etkisinin bulunduğu göz önüne alınırsa, doğru kabul edilebilir. Şiddetli kovuşturma ve baskı altındaki Hurufiler, Bektaşiler?in arasında karışarak varlıklarını korumayı başarmışlardır.
Gölpınarlı?ya göre, farklı namazları ve Fazlullah?ın öldürüldüğü Alıncak Kalesinde yapılan hac törenleri ile sıradışı uygulamaları olan Hurufilik, bir süre sonra bağımsızlığını yitirmiş, sonradan özellikle Alevi-Bektaşiler?e ve kısmen de diğer tarikatlere inançlarını aktararak tarihe karışmıştır.