O dönemden günümüze kalabilen resmî belgeler Mani'yi bir din sapkını ve bir şarlatan olarak tanıtıyorlar. Ancak, XVIII. yüz yıldan başlayarak yapılan araştırmalar Mani hakkında tüm bilinenleri değiştirdi. Artık Mani, kimilerine göre yeni bir din kuran bir bilge, kimilerine göre de çeşitli dinsel öğretilerin, Zerdüşt inancının, Buddha'cı ahlâkin, Mithra kültünün ve Hıristiyan öğretisinin bileşimini gerçekleştirmiş bir dehâdır.
Özellikle XX. yüz yılda gerçekleştirilen bazı buluşlar, Mani'nin yasam öyküsünün tümüyle gözden geçirilmesini gerektirdi. Ortaya çıkarılan ve Mani tarafından bizzat yazılmış olduğu savunulan bu yeni belgeler, Mani'yi insanlığın kurtuluşunu müjdeleyen bir peygamber olarak göstermektedir. Mani, insanlığın dinsel kurtuluşunun tarihsel bir akis içinde en önemli aşamalarını sıralarken, kendi öncülleri arasında Enoch'u, Nuh'un oğlu Sam'ı, Buddha'yı, Zerdüşt'ü ve İsa’yı saymıştır. Mani, bu yazılarda, İsa’nın yaşamının belli başlı olaylarını özetlemiş, Havariler'in çabalarını, Paul'un misyonunu, Hıristiyan Kilisesi'nin yaşadığı krizi ve dünyayı düzeltmek için uğraş vermiş olan Marcion ve Bardanes gibi gnostikleri anlatmıştır Nihayet, İsa’nın müjdelemiş olduğu "Paracletos"un, yani bizzat Mani'nin döneminin geldiğini ilân etmiştir.
"Paracletos" sözcüğü, Ruhulkudüs'e verilen bir isim olarak Yuhanna İncili'nde geçmektedir. "Paracletos"un din dışı anlamı "şefaat eden, aracı, arabulucu" biçimindedir. Özellikle, İsa’nın veda konuşmalarında "Avutucu, Gerçek Ruh ve Kutsal Ruh" adi altında sıkça yer almaktadır (Yuhanna XIV/16,26 - XV/26 - XVI/7).
Manicilik'te gerçek gizem, köktenci ve evrensel Düalizmdir. Manici inanca göre bu gizem, Mani'nin ruhsal ikizi olan Paracletos tarafından Mani'ye aktarılmış ve Mani de bu gizemi öğretmekle görevlendirilmiştir. Mani, on iki yaşındayken ilk kez göksel bir ziyarete tanık olduğunu ve ilk ilâhi açıklamaları aldığını ileri sürer. Arap tarihçisi en-Nedîm'e göre bu ziyareti yapan "et-Taum" (ikiz anlamına gelen Nebatîce bir sözcük) adli bir melektir. Bu melek Mani'nin ikizi ya da ruhsal esi olup, onu eğitip görevine hazırlayacak olan Paracletos'tur.
Mani'ye göre Zerdüşt, Buddha ve hatta İsa’nın başarılı olamamalarının nedeni, kendi öğretilerini yazıya geçirmemiş olmalarında aranmalıdır. Bu düşünce ile Mani, herkesçe anlaşılabilen basit bir dil kullanarak kendi öğretisini yazıya dökmüştür. Manici yazıların halktan gördüğü yoğun ilgi, Maniciliğin karşısında olanların ve özellikle Hıristiyan Kilisesi'nin neden bu yazıları yok etmeye çalıştıklarını açıklamaktadır. 279 Yılında, Roma İmparatoru Diocletianus, İskenderiye kentinde tüm Manici yazıların yakılmasını buyurmuştur. Buna benzer yok etme çabaları yüz yıllarca sürdürülmüştür. Halbuki, İsa’dan sonra II. yüz yılın ortalarında İran’da doğan Manicilik inancı, henüz ilk yüz yılını tamamlamadan Doğu ve Batı'ya yayılmayı başarmıştı ve doğal olarak karşısındaki en büyük rakip Hıristiyanlıktı.
Manicilik ile Hıristiyanlık arasında uzun ve sert bir kavga cereyan etti. Hıristiyanlık bu kez karşısında, akilci yöntemleri ve basarili diyalektik çözümlemeleri olan, Hıristiyan Kilisesi modeline uygun örgütlenen ciddi bir hasım bulmuştu. Her geçen gün, Manicilik karşıtı kilise kuralları, devlet buyrukları ve düalist öğretileri kötüleyen yapıtlar çoğalıyordu. Hıristiyan Kilisesi, Manicilik karşısında geçirdiği korkuyu bir daha asla unutamayacak, yüz yıllar boyunca karşılaştığı her düalist hareketi Maniciliğin bir devamı ya da hortlaması olarak kabul edecekti. Aradan uzun yıllar geçmiş olmasına karşın Vaudois'lar, Kathar'lar, Tampliye'ler Manicilik ile suçlanacaktı. Artık, Hıristiyan Kilisesi'nin gözünde her sapkın inanç Manicilik olarak yaftalanacaktır. Bu suçlamadan ne Luther, ne de Calvin kendini kurtaramayacaktır. Oysa, Luther kendi yandaşları tarafından Kilise'nin Maniciliğe karşı son savunucusu olarak gösterilmiştir.
Batı'daki Reformasyon hareketinden sonra, her ne kadar Kilise'nin dogmatik tutumunda önemli bir değişim olmadıysa da, Maniciliğin araştırılması ve daha iyi anlaşılması çabaları başladı. Manici belgelerinin incelenmesi, Doğu ile Batı'yı Zerdüşt ile İsa’yı birleştirmeye uğraşmış bir bilgenin varlığını gösteriyordu. Zamanla, eski Iran ve Hind inançlarının daha iyi anlaşılmasıyla, Maniciliğin kaynaklarına dair yeni açıklamalar elde edildi. Maniciliğin temel öğretisi olan gnostik düalizmin eski Zerdüşt inançlarının yanı sıra, Hind öğretilerinde kök bulduğu ortaya çıkarıldı. Böylece Manicilik; köktenci düalizm, Doğu pagan inançları ve doğacı dinlerden kaynaklanan, Zerdüşt'ten yola çıkarak düzenlenmiş ve İncil kalıbına dökülmüş bir gnostik Asya inancı olarak tanımlandı.
Asyrioloji'nin gelişimi Manicilikte yeni nitelikler bulunmasını sağladı. Böylece, Maniciliğin en eski köklerinin Kalde ve Babilonya'nin eski inançlarında yer aldığı anlaşıldı. Sonuçta Mani dininin, Mezopotamya -Iran düalizmi üzerine temellenen ve evrensel bir din niteliğine ulaşabilmek amacıyla Buddhizm ve Hıristiyanlık'tan aktarmalar yapan bir "syncretist" (bağdaştırmacı) inanç olarak Doğu'ya ve Batı'ya doğru genişlediği belirlendi. Bu genişleme, Hıristiyanlığın ilk yüz yıllarında tam anlamıyla etkindi ve ancak İslâm tarafından kesin olarak durdurulacaktı. Kısacası Mani, Zerdüşt inancının da kaynağı olan Kalde-Babilonya potasında, Buddhist ahlâk ilkelerini ve Hıristiyan öğretisini harmanlayan bir bilgeydi.
Ortaya çıkarılan son bulguların ışığında, Manicilik bir büyük din olarak değerlendirilebilir. Üstelik "kitaplı" bir din, bir misyoner dini, örgütlenmiş bir din, tüm büyük dinleri kendinde eritmek isteyen evrensel ve nihaî bir din. Ancak tüm bu niteliklerden daha önemlisi, her şeyin başına iki ezelî ve karşıt iki ilkeyi, Işık ve Karanlığı yerleştirmiş olan ve İsa’nın gelişini müjdelediği "Paracletos" tarafından gizemleri açıklanan köktenci bir "gnosis"tir Manicilik. Tüm yaşamı ve tüm bilgileri içerdiğini ileri süren bir toptancı gizem dinidir. Isa basarisiz olmuş, Aziz Paul ile Marcion' un çabaları boşa gitmiştir. Gerçek Kilise'yi yeniden düzenlemekle görevlendirilmiş olan Paracletos-Mani zuhur etmiştir.