İhvan-üs-Safâ' nın ortaya çıkışı, o dönemin en etkin akımları olan İsmailîler, Batınîler, Karmatîler arasındaki politik ve örgütsel ilişkiler, İhvan-üs-Safâ' nın da bunlarla öğreti bağlantısının olup olmadığı gibi konular, İslâm düşüncesi tarihinin en zor ve en tartışmalı sorunları arasındadır. İhvan-üs-Safâ' nın, İslâm toplumunun hangi düşünce ve inanç kesiminden kaynaklandığı konusunda araştırmacılar arasında bir görüş birliği yoktur.
İhvan-üs-Safâ' dan günümüze kalabilmiş tek eser olan Resâ' ilin incelenmesi, akımın Batinîlik ile, özellikle İsmailî batinî akımlarla bağlantılı olduğunu göstermektedir. Bu konuda, Fransız araştırmacı P. Casanova "İsmailî görüşlerinin tümünün Resâ' ilde bulunduğuna eminim" diye yazmaktadır. Benzer biçimde MacDonald "Muslim Theology" (İslâm Tanrıbilimi) adlı kitabında, İsmailî mensuplarının İhvan-üs-Safâ' nın risalelerini öğrendiklerini ileri sürmektedir. Sonraki dönemlerde, risalelere en fazla İsmailîler sahip çıkmışlar, hatta Resâ' ili "Kur 'an' dan sonraki Kur' an" olarak nitelendirmişlerdir. Resâ' ilde bir çok yerde israrla yinelenen "Te' vil" kavramı, yani Kur' an' in ezoterik yorumu, tümüyle Siî kökenlidir. İhvan-üs-Safâ ile İsmailî bağlantısı hakkında aşağıdaki bölüm Edward Burman' in "The Assassins - Holy Killers of Islam" (Hasisîler - İslâmin Kutsal Katilleri) adlı eserinden alınmıştır: "İsmailîler, tüm risalelerin, gizli imamlardan biri olan İmam Ahmed tarafından yazıldığına inanırlardı. Suriye Haşisîlerinin başı, Seyh-ül Cebel Resid' üd Din Sinan' ın Resâ' ilde bulunan felsefi düsünceleri ustaca yorumladığı biliniyor. Diğer taraftan İsmailîlerin, Resâ' ilin 2.bölüm 8. risalesinde dile getirilen ideal insan tanımlamasının Hasan Sabbah' i kastettigine inanırlardı. Resâ' ile göre ideal kisi, "soy olarak İranlı, din olarak Arap, kültürde Iraklı, deneyimleriyle Yahudi, davranışlarıyla Hristiyan, dine bağlılığıyla Suriyeli, bilimde Yunanlı, kavrayışta Hindli, yaşam tarzında Sufi, ahlâk olarak melek gibi, bilgide ilâhî ve kaderde ebedî olmalıdır (II, 376)".
Diğer taraftan, Resâ' ilde yer alan bazı açıklamalar, Sünnî bir kökene kanıt sayılabilir. Özellikle, "Halife-i Rasidin"den (İlk Dört Halife) söz eden risaleler (III, 489 ile IV, 408) ve Hazreti Ayşe' den söz eden risale (I, 358), eserin Şiî ve İsmailî kökenli olduğu iddialarını zayıflatmaktadır.
Ayrıca, Resâ' ilde belirgin bir tasavvuf eğilimi de bulunmaktadır. Özellikle, "mahiyet-ül ask" (III, 269-286) ve "vecd" (I, 240) bölümleri tam anlamıyla Sufi nitelikler göstermekte ve tasavvuf terimlerini içermektedir.
Ancak, risaleler dikkatlice gözden geçirilirse, İhvan-üs-Safâ' nın, dönemindeki inanç farkları ve mezhep ayrılıklarından usanıp, bunlara bir son vermek, bu konudaki bağnazlığı yıkmak amacıyla yola çıktıkları anlaşılır. Düşüncelerini temellendirmek için esas aldıkları tüm kaynakları, bütün sınırlamalar ve önyargılardan arınmış olarak, istedikleri gibi kullanmışlardır. Onlar için, Kur' an ne kadar önemli ise, Tevrat ve İncil de o kadar önemlidir. Muhammed' in sözleri ne kadar önem taşıyorsa, felsefede Sokrates' in ya da Platon' un, matematik ve geometride Pythagoras' in sözlerinin de önemi o kadar büyüktür. Ancak İhvan-üs-Safâ, Müslüman bir toplum içinde yaşaması ve kendilerinin de Müslüman olması nedeniyle, Kur' an ve Muhammed' in sözlerine daha fazla ağırlık vermiş, daha çok alıntı yapmışlardır.
İhvan-üs-Safâ, mezhep tutkusundan uzak olduklarını ve kaynağı ne olursa olsun, doğru buldukları her düşünceyi benimseme eğiliminde olduklarını şöyle dile getirir:
"Kardeşlerimizin, bilimlerden hiçbirine düşman olmamaları, hiçbir kitabı hor görmemeleri, mezheplerden hiçbirine önyargı ile bakıp, bağnazlığa düşmemeleri gerekir. Zira, bizim görüş ve inancımız bütün mezhepleri kapsar ve bütün bilimleri kusatır. Bizim bilimimiz, başlangıcı ve sonu, gizliliği ve açıklığı bakımından hepsinin tek bir ilke, tek bir neden, tek bir evren ve tek bir ruhtan oluşmaları dolayısıyla, duyulan (mahsus) ve kavranan (makul) tüm varlıkların incelenmesidir. (IV, 41-42)"
Risalelerde, Ehl-i Beyt' in (Muhammed' in akrabaları, ev halkı) üstünlüğünü ve Kerbelâ olayını vurgulamış olduklarından dolayı, aşırı Şiî ve İsmailî bir görünüm vermemelerine karşın, Şiîlikle hiç ilgili olmadıklarını söylemek de olanaksızdır. Onların, en azından Siî sempatizanı ya da Seyyid Hüseyin Nasr' ın ileri sürdüğü gibi "Sufi egilimli Siîler" oldukları yönünde bir kanı uyanmaktadır. Ancak, her konuda olduğu gibi, bu konuda da bağnazlıktan uzak, her düşünceye açık, yararlı olan her fikri alma taraftarıdırlar.
Bu açıklıkta aşırıya giderek, sonuçta İslâmın ruhuna aykırı düşen bir takım düşüncelere sahip oldukları gerekçesiyle bazı Müslüman düşünürler tarafından eleştirilmişler, hatta sapkınlıkla suçlanmışlardir.
İhvan-üs-Safâ' nin Resâ' ilde kullandığı dil fazlasıyla simgeseldir. Abbasî yönetiminin hısmından korunabilmek için özellikle seçilmis bir tarzdır bu. Resâ' il, ders çıkarılacak çok sayıda hayvan öyküleri içermekte, bazı bölümleri tümüyle gizli mesajlar ve kodlardan oluşmaktadır. Bu özellik, İhvan-üs-Safâ' nin terim ve kavramlarını bilmeyenlerin, Resâ' ilin içeriğini tam anlamıyla değerlendirmesini olanaksız biçime getirmektedir. Risalelerde gizli etkinliklerin en önemli anahtarı olarak "ağzi sıkılık" önerilir. Bu özellik, Tanri' nin bahsettiği yetenekleri başkalarına belli etmemek ilkesinden kaynaklanmaktadir.
İslâm Ansiklopedisine göre, Resâ' il' in içeriği uzlasmacı bir nitelikte olup, öğretinin temel noktasını, evrenin tek ilâhî kaynağı olması ve ruhların bu kaynağa, yani Tanrı' ya geri dönüşü inançları oluşturmaktadır. Nasıl tüm sözcükler ağızdan çıkmakta, ışık güneşten yayılmaktaysa, evren de Tanrı' dan kaynaklanmaktadır. Bu Neo-Platonculuk kökenli kavramın adı "Sudûr" (emanation, yayılma, meydana çıkma) inancıdır. Önce Tanrı' nın vahdeti (birliği) ve ondan da derece derece, 2. olarak akıl, 3. olarak nefs (ruh) doğar; ruh' tan 4. olarak ilk madde, 5. olarak doğa, 6. olarak cisimler çıkar; ondan 7. olarak felekler; ondan 8. olarak elementler evreni, ondan da 9. olarak madenler, bitkiler ve hayvanlar çıkar. Bu yayılışta her türlü kötülük ve eksikliğin kaynağı maddedir. Bireysel ruhlar, evrensel ruhun birer parçasıdır.
Nasıl evrensel ruh kıyamet günü Tanrı' ya dönecek ise, ruhlar da bedenin ölümü ile evrensel ruha dönmektedirler. Bu nedenle "İhvanlar" ın ölümü "Küçük Diriliş", evrensel ruhun Tanrı' ya dönüşü "Büyük Diriliş" (Ba' as-ü-ba' d el-mevt) olarak adlandırılır.
İhvan-üs-Safâ öğretisinde yaratılışın bu biçimde düzenlenmiş olması, örgütlenmenin hiyerarşik yapısını etkilemiş ve bilgilere dereceli olarak ulaşma kavramını zorunlu biçime getirmiştir. Zaten Resâ' il, dört ayrı bölümünde, farklı konuları işleyen bir bilimler ansiklopedisi gibi düzenlenmiştir. İlk bölümde yer alan 14 risale matematik ve mantık bilimlerinden, ikinci bölümdeki 17 risale doğa bilimleri ile "ilm-i nefs" ten (psikoloji), üçüncü bölümün 10 risalesi metafizikten ve son bölümün 11 risalesi tasavvuf ve sihirden söz etmektedir. Resâ' ilin her bölümü ayrı bir yaş grubuna yöneliktir. Yas grupları Platon' un Cumhuriyet' inden esinlenerek oluşturulmuştur. İlk derecede, öğretmenlerin etkisine tümüyle açık olan zihinleriyle 15-30 yas arasındaki gençler vardır. 30-40 Yas arasını kapsayan ikinci derecede, varlıkların analojik (benzeşimli) bilgisi ile din dışı bilgelik konuları vardır. Üçüncü derecede, 40-50 yaş arasındaki kisilere evrenin ilâhî yasası bildirilir. Nihayet, 50 yaş üstü için olan son derecede, kişi "Gerçeğe" ulaşır, böylece doğa, öğreti ve yasaların üzerine çıkar.